成为博士:耶鲁大学的研究人员使大数据成型

科学家们现在有能力收集大量关于生命最基本过程的数据,比如少数胚胎干细胞在人体中产生数万亿个特化细胞的复杂舞蹈。但数据并不总是转化为知识,除非记录的数据点之间的关系能够以准确、有意义和可见的方式表达出来。

耶鲁大学遗传学和计算机科学副教授Smita Krishnaswamy的实验室开发了一种名为PHATE的新算法,克服了现有数据可视化工具的许多缺点,这些工具更容易受到数据点之间关系的干扰和扭曲。

与PCA、tSNE和扩散映射技术相比,PHATE visualizations compared to those created by PCA, tSNE, and Diffusion Mapping的可视化效果更好

上面的面板显示了PHATE是如何将人类胚胎干细胞可视化为神经元细胞、神经干细胞、心脏细胞和内皮细胞的,而不是其他三种技术的可视化。例如,更清晰、更[……]

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耶鲁的文章命名为AAAS研究员

耶鲁大学生态学和进化生物学教授David Post被任命为美国科学促进会(AAAS)会员。

11月26日,美国科学促进会宣布,波斯特因其“对水生生态系统中食物网的结构和动态的理解以及对环境变化的响应做出了杰出贡献”而被同行选为AAAS成员。

Post in the field taking river samples现场采集河流样本(由David Post提供)

波斯特研究了环境变化对栖息地物种的影响,包括康涅狄格湖和非洲的马拉河。波斯特和他的实验室记录了新英格兰殖民地时期建造的水坝如何引发普通alewife鱼的进化变化,引发了300至350年的生态和进化变化,这些变化通过湖泊食物网传播。波斯特和他的实验室还探索了干旱、角马迁徙和河马粪便等多种因素如何显著影响马拉河生[……]

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生酮饮食有助于抑制流感病毒

像Keto养生法这样的高脂肪、低碳水化合物饮食有自己的拥趸,但流感显然不在其中。

耶鲁大学(Yale University) 11月15日在《科学免疫学》(Science Immunology)杂志上发表的一项新研究显示,以生酮饮食喂养的小鼠比以高碳水化合物喂养的小鼠更能抵御流感病毒。

研究人员报告说,生酮饮食——包括肉、鱼、家禽和不含淀粉的蔬菜——可以激活肺部的一部分T细胞,这些T细胞以前与免疫系统对流感的反应无关,它可以增加呼吸道细胞的粘液分泌,从而有效地捕获病毒。

“这是一个完全出乎意料的发现,”合著者岩崎明子(Akiko Iwasaki)说。

这个研究项目是由两名受训人员提出的——一名[……]

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细胞的塑造者从一个令人惊讶的来源获得帮助

微管渗透到细胞中,为细胞提供形状和结构支持,使它们发育成所有高等生物的大脑、中枢神经系统和免疫系统。

耶鲁大学的研究人员发现了一种意想不到的机制,可以让微管执行这些关键的任务。

耐受力强的线状结构必须由激酶密切调控,激酶是通过一种叫做磷酸化的化学过程来激活或失活蛋白质的酶。事实上,已知有一类激酶可以调节微管控制神经系统线路的能力。

然而,耶鲁大学的一组研究人员发现,其中一种名为Abl2的激酶可以在不使用蛋白质的情况下调控微管的生长。他们的研究结果发表在11月7日的《细胞生物学杂志》上。

分子生物物理学、生物化学和神经科学教授安东尼•科莱斯克说:“我们发现,Abl2自身的直接化学作用稳定了微管,[……]

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耶鲁大学的Horwich获得了“奥斯卡科学奖”

11月3日,在加州山景城的美国国家航空航天局艾姆斯研究中心举行的“突破奖”颁奖典礼上,耶鲁大学的阿瑟·l·霍里奇和他的同事、来自马克斯·普朗克研究所的乌尔里希·哈特尔等杰出科学家受到表彰。

在第八届被称为“科学奥斯卡”的年度活动中,2100万美元的奖金被授予顶级研究人员。霍里奇和哈特尔获得了生命科学的四个奖项之一,奖金为300万美元。这两位科学家因描述了在细胞内将蛋白质折叠成适当形状的分子机制而受到表彰。

霍里奇是耶鲁大学医学院遗传学斯特林教授,霍华德休斯医学研究所研究员,哈特尔是马克斯普朗克生物化学研究所主任。

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耶鲁大学的科学家们捕捉到了动态大脑的活动

科学家通常通过观察单个分子、细胞或回路来捕捉大脑活动的图像。但是观察这些微小的单位是如何相互作用产生复杂的行为是一项艰巨的任务。现在,在一项多方合作的研究中,耶鲁大学(Yale University)的研究人员开发出了一种方法,可以利用一对显微镜技术,实时观察整个大脑的工作状态。

他们的研究成果发表在11月4日的《自然方法》杂志上。

“在神经科学领域,融合不同尺度的理解是一个根本性的挑战,”神经科学副教授、耶鲁大学卡维利神经科学研究所(Kavli Institute for neuroscience)成员迈克尔·希格利(Michael Higley)说。“通过这种新方法,我们正在弥合分子、细胞[……]

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树皮越厚,火灾造成的伤害越小

日益频繁的干旱、大面积的森林砍伐和土地利用的变化,使亚马逊雨林成为了一个火药桶——但有些树木比其他树木生长得更好。

耶鲁大学领导的一项新研究表明,树木在火灾中生存能力的一个关键变量是树皮的厚度——树皮越厚,树木存活的可能性越大。

研究人员分析了亚马逊热带雨林遭受火灾破坏地区的树木,发现雨林湿润地区的树木树皮较薄。这种厚度上的差异是巨大的——从湿润地区0.5毫米的树皮(大约和指甲一样薄)到干燥地区4厘米的树皮(大约和拇指一样长)。这使得潮湿的森林比干燥森林中厚树皮的树木更容易受到火灾的破坏。

作者说,随着盆地湿润地区干旱加剧,火灾发生的可能性增加,这可能会使火灾对环境的影响更加严重。树木储存碳,[……]

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编辑蚊子的基因可以防止疟疾并停止繁殖

科学家一直在寻找免疫系统的因素,这些因素可能有助于蚊子避开疟疾寄生虫等病原体,并间接保护人类不受感染。耶鲁大学的研究人员通过编辑一个基因发现了一个基因,这个基因对女性生殖至关重要。

Erol Fikrig实验室的研究人员,Waldemar Von Zedtwitz医学教授(传染病学),流行病学和微生物病机学教授,编辑了一个可能抑制按蚊类雌性蚊子免疫系统的基因。研究人员于10月28日在《实验医学杂志》上发表报告称,他们发现变异蚊子的生殖系统被严重破坏,导致疟疾的寄生虫水平大幅降低。

“当蚊子没有功能正常的卵巢时,导致疟疾的寄生虫就无法在蚊子体内很好地生存,”Fikrig说。“如果我们了解疟疾是如[……]

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耶鲁大学的科学家将疼痛的路径形象化

Stephen Waxman的实验室,神经学和神经科学教授Bridget M. Flaherty,已经确定了钠离子通道在神经细胞疼痛体验中的关键作用。

在一篇新论文发表在《科学进步,耶鲁团队由博士后Liz类似和高级研究科学家Sulayman Dib-Hajj能够想象在单分子水平钠离子通道和电脉冲产生是如何分布,通常在很远的地方,沿着神经细胞。这项研究推进了实验室为新一代非成瘾止痛药奠定基础的努力。

新闻旨在传播有益信息,英文原版地址:https://news.yale.edu/2019/10/23/yale-scientists-visualize-pains-pathway

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耶鲁大学的研究人员发现,细胞与老年人失明的主要原因有关

年龄相关性黄斑变性是导致老年人失明的主要原因之一,在美国有200多万人受到影响,并导致中央视力逐渐丧失。基因组范围的研究已经确认了近36个与该病有关的基因,但它们对眼睛造成损害的确切位置还不为人所知。

Broad研究所的研究人员来自耶鲁大学,麻省理工学院,和哈佛大学的报告在10月25日出版的《自然》杂志上的通信,胶质细胞(或支持细胞),负责提供血液和血管细胞视网膜以及视锥细胞导致黄斑变性,视网膜的中心部分。

耶鲁大学眼科学、视觉科学和病理学助理教授Brian Hafler是该研究的共同作者,他说:“这项研究有助于查明可被密切研究的细胞类型,从而开发出新的治疗方法。”

对于这两种类型的黄斑变性,[……]

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